Laboratoř sekvenace DNAServisní laboratoř biologické sekce PřF UK
Rok Počet sekvenací Počet fragmentací
2009 10 700 8 100
2010 13 300 16 150
2011 20 650 13 050
2012 22 900 13 200
2013 23 500 17 000
2014 26 900 9 500
2015 26700 19900
2016 28050 17000
2017 24200 17500
Založena 2003, momentálně jsme 2 zaměstnankyně, máme dvě spolupracovnice na DPP a jsme finančně soběstačné, včetně platů.
Biocev – Core facility OMICS – GenomikaServisní laboratoř biologické sekce PřF UK
Fragmentační analýza - analýza mikrosatelitů, SNP genotypizace, AFLP, RFLP, MLPA a další aplikace.- na 16 kapilárním genetickém analyzátoru 3130xL (Life Technologies) umístěném stále ve Viničné 7.
Cena 33 Kč za vzorek.Formamid a destičky dodáváme. Vnitřní standardy nedodáváme.
Přístroj má nastaveny spektrální kalibrace se standardy: DS-30 (6FAM™, HEX, NED™, ROX™)
pro červený standard ROX400 a ROX500DS-33 (6FAM™, VIC®, NED™, PET®, LIZ®)
pro oranžový standard LIZ500, LIZ600 a LIZ1000DS-02 (dR110, dR6G, dTAMRA™, dROX™, LIZ®)
pro oranžový standard LIZ120 pro SNaPshoty
Biocev – Core facility OMICS – GenomikaServisní laboratoř biologické sekce PřF UK
Sangerovo sekvenování plasmidů a PCR produktů na 24-kapilárním
genetickém analyzátoru 3500xL (Life Technologies) v Biocevu.
Komerčně Macrogen – sběrná schránka na Katedře botaniky. Cena výhodná jen
při sekvenování celé destičky. Cena za jednotlivý vzorek 4,5 Eura plus 21% dph
čili min. 135 Kč.
Nejčastější problémy vznikají z důvodu
špatné koncentrace či čistoty templátu.
Nepodceňujte kontrolu na nanodropu
a/nebo gelu. I příliš velké množství DNA
blokuje sekvenační reakci!
Cena 87 Kč za vzorek.Vzorky dodáváte již předmíchané s primerem na právě jednu reakci.
Optimálně získáváme délku 800 bází.
Next-generation sekvenování - na platformě MiSeq (Illumina)nabízíme možnost sekvenování jednak Vašich připravených knihoven a jednakknihoven, které jsme v omezeném množství schopny připravit z Vašich vzorků.Kvalitu Vámi připravené DNA/RNA knihovny pro NGS si před sekvenováním vždyprověříme vhodnou metodou.
Verze kitu Délka čtení Délka čtení paired-end Počet čtení Množství dat Cena s dph
MiSeq Reagent Kit v2 (300 cycles) 300 bp 2 x 150 bp až 15 mil. až 4,5 Gb 35 000 Kč
MiSeq Reagent Kit v2 (500cycles) 500 bp 2 x 250 bp až 15 mil. až 7,5 Gb 39 000 Kč
MiSeq Reagent Kit v3 (150 cycles) 150 bp 2 x 75 bp až 25 mil. až 3,8 Gb 30 000 Kč
MiSeq Reagent Kit v3 (600 cycles) 600 bp 2 x 300 bp až 25 mil. až 15 Gb 51 000 Kč
Vhodnost použití přístroje MiSeq a design projektu s námi konzultujte ještě před začátkem tvorby knihovny. Cena běhu 2000 – 2800 Kč dle délky běhu.
Jeden kit je celý využit na jeden běh přístroje.Sekundární analýzu dat neprovádíme.
Biocev – Core facility OMICS – GenomikaServisní laboratoř biologické sekce PřF UK
NGS – aplikace doporučené pro MiSeq
• RNA sekvenování – genová exprese, sekvenace transcriptomů a small RNA
• de novo sekvenování malých genomů (< 20 Mb)• Resekvenování malých genomů – indel, SNPs• 16S Metagenomika – 384 vzorků• Amplikonové sekvenování• HybSeq – fragmenty DNA získané hybridizací se sondami• ChipSeq – fragm. DNA získané chromat. imunoprecipitací • Kontrola kvality DNA knihoven • Pilotní projekty
Biocev – Core facility OMICS – GenomikaServisní laboratoř biologické sekce PřF UK
Biocev – Core facility OMICS – GenomikaServisní laboratoř biologické sekce PřF UK
Příprava DNA a RNA knihoven pro NGSV omezeném rozsahu nabízíme jako službu přípravu knihoven pro NGS. U větších projektů nabízíme zaškolení a pomoc při přípravě Vašich knihoven v našich prostorech s kompletním vybavením. Dále nabízíme sdílení kitů na přípravu knihoven, nemusíte tedy kvůli menším projektům sami pořizovat celý kit.
V současné době máme k dispozici tyto kity:•TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit (Illumina)•TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation Kit (Illumina)•Nextera XT DNA Library Preparation Kit (Illumina)•NEBNext® Ultra™ II DNA Library Prep Kit for Illumina (New England Biolabs)•NEBNext® Ultra™ II Directional RNA Library Prep with Sample Purification Beads (New England Biolabs)•QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit FWD for Illumina (Lexogen)
Biocev – Core facility OMICS – GenomikaServisní laboratoř biologické sekce PřF UK
Spektrofotometr Nanodrop 2000 UV-Vis spectrophotometr
Fluorometr Quantus
Agilent 2100 Bioanalyzér
•Cena dle typu čipu na vyžádání (1500-2400 Kč), možnost sdílení čipu, 11-12 vzorků.High Sensitivity DNA kit - pro kontrolu kvality DNA fragmentů a DNA s vysokou citlivostí (5 – 500 pg/µl) v 1 µl vzorku.DNA 1000 - pro analýzu dsDNA fragmentů od 25-1000 bp. Pro koncentrace 500 pg/ µl – 50 ng/µl.RNA 6000 Nano – pro celkovou RNA a mRNA v koncentraci 25-500 ng/µL, informace o stupni degradace celkové RNA (RIN).RNA 6000 Pico – totéž pro koncentrace 50 pg/µl – 5 ng/µl.
LightCycler 480 Real-TimePCR, Roche
•Cena dle počtu vzorků, možnost sdílení běhu.
M220 Focused-ultrasonicator™ - Covaris
•165 Kč za vzorek, včetně sonikačních minizkumavek o objemu 50μl nebo 130μl
•Pro přípravu knihoven
Kontrola kvality a kvantity RNA, DNA a knihoven je nutná a zásadní ve všech fázích projektu a není radno na ní šetřit!
Kontakt:
RNDr. Štěpánka HrdáMgr. Blanka Hamplová Ph.D.
Doporučujeme komunikaci [email protected] nebo [email protected]
BIOCEV:Tel. 325873935 /36
Adresa Biocev:Core facility - Genomika, PřF UK, BiocevPrůmyslová 595Vestec252 42https://www.natur.cuni.cz/biologie/servisni-laboratore/laborator-sekvenace-dna
http://www.biocev.eu/corefacilit/omics-genomika/
Biocev – Core facility OMICS – GenomikaServisní laboratoř biologické sekce PřF UK
Děkuji za pozornost a těšíme se na spolupráci!
Sanger sequencing
Source Wikimedia
Sequencing reaction
Capillary electrophoresis
Price: 87 CZK/sampleRead length - 800 bp
Around 2000 samples/ month
ABI 3500XL - 24 capillaries
Fragment analysis
Ø Microsatellite analysisØ AFLP, RFLPØ SNP genotyping
Calibration for 4-dye, 5-dye and 6-dye samples:
üDS-30 (6FAM™, HEX, NED™, ROX™) - standard ROX 400, 500
üDS-33 (6FAM™, VIC®, NED™, PET®, LIZ®) - standard LIZ 500, 600
üDS-02 (dR110, dR6G, dTAMRA™, dROX™, LIZ®) - standard LIZ 120
üDS-36 (6FAM™, VIC®, NED™,SID™,TAZ™,LIZ®) - standard LIZ 600
Price: 40 CZK/sampleOur standard: plus 20 Czk/sample
The 2100 Bioanalyzer Agilent system provides sizing, quantitation and quality control of DNA, RNAand proteins.
The Covaris M220 Focused-ultrasonicatorgenerates fragment sizes between 150 and 5,000 bp in tight, highly reproducible fragment distributions.
NanoDrop SpectrophotometerQuantus Fluorometer
The Core Facility offers not only services but also access to all instruments.
Quality and quantity of input material are crucial to efficient library construction and sequencing.
Biocev – Core facility OMICS – Genomika Servisní laboratoř biologické sekce PřF UK
