BiodiverzitaBiodiverzita kultivovatelnýchkultivovatelných prokaryotprokaryotv Hranické propastiv Hranické propasti
Bc. Marcel Kosina
RNDr. Ivo Sedláček, CSc.
Mgr. Dana Nováková, Ph.D.
Česká sbírka mikroorganismůMasarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta
Cíle:Cíle:
�� IzolaceIzolace
�� UchováníUchování
�� CharakterizaceCharakterizace
�� IdentifikaceIdentifikace
�� Průkaz biotické složky Průkaz biotické složky specifických specifických speleotémspeleotém
TESTY:
FENOTYPOVÉ
MOLEKULÁRNĚ-BIOLOGICKÉ
CHEMOTAXONOMICKÉ
Hranická propast(součást NPR Hůrka u Hranic)
� Nejhlubší v ČR (274,1 m)� Hranický kras
- devonské vápence- řeka Bečva
„suchá část“
„mokrá část“
TEPLOTA VODY
16°C
13,5°C – 24 °C
pH
6,3
Speleotémy = sekundární výplně jeskyň - povlaky
SpeleotémySpeleotémy -- povlakypovlaky
U Gejzíráků
Odběr vzorkůOdběr vzorků
�� 4 odběry: XII/2005; III,VI, IX/20064 odběry: XII/2005; III,VI, IX/2006
�� Vzorky: Vzorky:
vodavoda
povlakypovlaky
guánoguáno
U Gejzíráků
IzolaceIzolace
�� TSATSA
�� NWRINWRI--agar (= pro agar (= pro oligotrofyoligotrofy))
�� 15°C15°C
Charakterizace / identifikaceCharakterizace / identifikace
�� Biochemické a fyziologické testy: Biochemické a fyziologické testy: �� všechny všechny izolátyizoláty
�� Analýza celkových buněčných proteinů SDSAnalýza celkových buněčných proteinů SDS--PAGE PAGE (SDS=(SDS=dodecyldodecyl sulfát sodný; PAGE=sulfát sodný; PAGE=polyakrylamidovápolyakrylamidová gelovágelová elektroforéza):elektroforéza):
�� GG-- tyčkytyčky
�� RibotypizaceRibotypizace::�� GG-- nefermentující tyčky (rod nefermentující tyčky (rod PseudomonasPseudomonas))
�� MALDIMALDI--TOF MS:TOF MS:�� GG-- nefermentující tyčky (rod nefermentující tyčky (rod PseudomonasPseudomonas))
OPTIMALIZACE METODYOPTIMALIZACE METODY
VýsledkyVýsledky
�� Izolováno a uchováno 80 kmenůIzolováno a uchováno 80 kmenů(61(61--voda, 18voda, 18--povlaky, 1povlaky, 1--guáno)guáno)
�� 29,5 % 29,5 % psychrofilníchpsychrofilních kmenů z vody kmenů z vody �� 28 % 28 % psychrofilníchpsychrofilních kmenů z povlakůkmenů z povlaků
�� Jezírko: 27 % Jezírko: 27 % psychrofilníchpsychrofilních�� U U GejzírákůGejzíráků: 32 % : 32 % psychrofilníchpsychrofilních
Zařazení kmen ů do skupinZařazení kmen ů do skupin(mikroskopie, fermentace cukr ů)(mikroskopie, fermentace cukr ů)
18Gram-pozitivní koky až rozpadající se tyčky
6Gram-pozitivní sporulujícítyčky
29Gram-pozitivní nesporulujícítyčky
3Gram-negativní fermentující tyčky
24Gram-negativní nefermentující tyčky
POČET KMENŮSKUPINA
Celkové zastoupení skupin (%)Celkové zastoupení skupin (%)
30%4%
35%
8%
23% G-nefermentující tyčky
G-fermentující tyčky
G+nesporulující tyčky
G+sporulující tyčky
G+koky-rozpadající setyčky
!!! G+ bakterie převažovaly nad G- negativními !!!
Identifikace Identifikace
Celkem identifikováno 19 kmenů
Aneurinibacillus sp. (2 kmeny)
Bacillus sp. (2 kmeny)
Rotunda sucháBacillus fusiformis (1 kmen)
U GejzírákůPseudomonas fluorescens (2 kmeny)
Sporosarcina psychrophila (1 kmen)
Pseudomonas putida (1 kmen)
Pseudomonas stutzeri (1 kmen)
Pseudomonas alcaligenes (1 kmen)
Pseudomonas fluorescens (6 kmenů)Jezírko
Aeromonas hydrophila (2 kmeny)
PŮVODIDENTIFIKACE
Průkaz biotické složky povlak ůPrůkaz biotické složky povlak ů
�� Kultivace: 18 kmenůKultivace: 18 kmenů�� BacillusBacillus spsp. (2 kmeny). (2 kmeny)�� PseudomonasPseudomonas fluorescensfluorescens (1 kmen)(1 kmen)�� PseudomonasPseudomonas stutzeristutzeri (1 kmen)(1 kmen)
�� Mikroskopie bujónové kulturyMikroskopie bujónové kultury(přímá (přímá inokulaceinokulace homogenizovanými povlaky)homogenizovanými povlaky)
�� GramovoGramovo barveníbarvení
Výsledky mikroskopie 2Výsledky mikroskopie 2 --denní bujónové denní bujónové kultury povlak ůkultury povlak ů
ZÁVĚRZÁVĚR
�� Rovnoměrný výskyt Rovnoměrný výskyt psychrofilníchpsychrofilních kmenů kmenů ––původ, původ, místo odběrumísto odběru
�� !!! G+ převažovaly nad G!!! G+ převažovaly nad G-- !!!!!!
�� Identifikováno 19 Identifikováno 19 kmenůkmenů, , z nich 11 rod z nich 11 rod PseudomonasPseudomonas , , 2 kmeny2 kmenyAeromonasAeromonas hydrophilahydrophila, , 6 kmenů G+ 6 kmenů G+ sporulujícísporulující tyčky: tyčky: BacillusBacillus spsp., ., AneurinibacilusAneurinibacilus spsp., ., SporosarcinaSporosarcina psychrophilapsychrophila, , BacillusBacillus fusiformisfusiformis..
�� Biotická složka prokázánaBiotická složka prokázána
Poděkování:Poděkování:
Fraňo Travěnec „Sabbath“Bc. Andrea Teshim
Mgr. Ondřej Šedo, Ph.D. Mgr. Milan Geršl
Podpořeno: MSM0021622416
Děkuji za pozornost…Děkuji za pozornost…