Digitální atlasy patologie na ÚVT atlases.muni.cz - 5mmICS CON 40 · Atlas dermatopatologie...

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod

Atlasdermatopatologie

Obrazy

Obrazová cástatlasu

Uživatelskérozhraní

Spolupráces ÚVT MU aCESNET

Výukový atlas

Atlasdermatopatologie,publikacní využití

Digitální atlasy patologie na ÚVTatlases.muni.cz

ICS CON 40

J. Feit et al.

Patologie MDgK+ Brno

17. ríjna 2019

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


PatologiePatologie se zabývá morfologickým obrazem chorob:makroskopickým, mikroskopickým, molekulárnegenetickým.

Na podklade techto vlastností se definují a klasifikujíchoroby.

Pro patology má zásadní význam hodnocenímikroskopického vzhledu tkání a bunek.

Histologická diagnostika vyžaduje zkušenosti akomparacní materiál (sbírky preparátu, literaturu).

Atlasy patologie jsou diagnosticky a výukove zamerenéobrazové sbírky.

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Kvalita obrazu

I MikroskopI Film (diapozitivy)I Digitální fotoaparátyI Virtuální mikroskopy

I lze rychle menit zvetšení (vyšší zvetšení — lepšízobrazení detailu — menší zorné pole)

I lze proostrovat (zvyšovat hloubku ostrosti)I obrazy mají vysokou kvalitu a hloubkuI problém: omezené možnosti distribuce

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Kvalita obrazu


I dnes již nepoužívané, zcela nahrazeny digitálnímzáznamem

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Kvalita obrazu


I rozlišení dnes prevyšuje možnosti optiky (max.2300px)

I možnost ostrení v reálném caseI problém: obrazy jsou omezené zorným polem

mikroskopu

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Kvalita obrazu


I obraz je snímán po cástech, ty jsou spojenydohromady

I využije se objektiv o velkém rozlišení (N.A.)I malé zvetšení je simulováno zmenšením obrazu

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Struktura atlasu kožní patologie

I TextyI Popis struktury kužeI Popisy obrazuI Popisy diagnóz

I kapitoly, libovolne vnorenéI cásti kapitol (úvod, klasifikace, klinika, histologie. . . )I náveští, odkazy a další

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I struktura kuže je rozdelena podle hlavních znaku citopografií

I ke každému hlavnímu znaku je prirazen seznampatologických zmen

I každá zmena má prirazeny kvantitativní stupne(rovnež seznam)

I (dále je definovaná pro každou zmenu tabulka,vyjadrující podobnost stupnu znaku)

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I každý obraz v atlase je popsán v seznamu obrazuI jednoznacný indentifikátorI další údaje: autor obrázku, zvetšení, barvení, typ

obrazuI seznam znaku vcetne souradnic (znaky definované a

nedefinované)

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I každá (nenádorová) diagnóza v atlase má svujpopis, který využívá popis struktury

I spolecný slovník se využívá v expertním systému

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Histologické obrazy

I (Skanování diapozitivu)I Digitální kamera Leica S1I Lucia D1, mikroskop Leica DMLAI ScanScope 2I Lucia AR, Nikon 90iI Tkánové skenery, WSI

I zdlouhavé, drahéI nízké rozlišení, nízká kvalitaI archivní klinické obrazy

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I skanovací kamera, obrazy 5012×5012 px, 75 MBI obraz se snímal cca 3 minutyI rozlišení kamery presahovalo možnosti objektivu

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I systém pro skládání obrazu z jednotlivých dílkuI po doprogramování systém umožnoval snímat dílky

ve více fokusovacích rovinách

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I systém Aperio, umožnující rychlé snímánírozsáhlých ploch

I snímá se v pruzích po vytvorení fokusovací mapyI objektiv 20× (lze i 40×)I první WSI scanner

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I systém založený na klasickém motorizovanémmikroksopu

I snímání velkých ploch ve velkém zvetšení ve vícerovinách

I grant, 2009

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I rychléI automatická identifikace tkáne a sestavení

virtuálního preparátuI snímání jednotlivých zorných polí nebo pruhuI dálková diagnostika, sdílení, obrazové sbírky. . .

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Predstava snímání obrazu

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Skutecnost snímání obrazu

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Skládání obrazu

I Problém pri klasickém skládání obrazuI Rešení ve spolupráci s ÚVT (RNDr. V. Ulman, PhD)

I presnost pohybu stolu nestací na kvalitní skládáníI je nutno analyzovat prekrývající se oblastI pokud prekrývající se oblast neobsahuje dostatek

informací, použije se posun stoluI když se snímací meandr vrátí zpet do kontrastních

oblastí, musí napojit na predešlý dílek i predchozíradu

I spojení dílku je viditelné

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Skládání obrazu

I Problém pri klasickém skládání obrazuI Rešení ve spolupráci s ÚVT (RNDr. V. Ulman, PhD)

I všechny dílky se nasnímají a uložíI provede se analýza prekryvných oblastíI spojování zacíná tam, kde prekryvné oblasti obsahují

nejvyšší kontrastI dílky s minimem kontrastu (pozadí) se doplní

nakonecI vzájemné spojení probíhá strmým gradientemI gradient probíhá po náhodne generované krivce

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Spojování dílku

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Prístup k obrazum o velkém rozlišeníprostrednictvním Internetu

I Obraz v základním okne (900 px)I 1. generace lupy: obrazy do 7200×7200 px

(JavaScript)I Zoomify (Flash)I 2. generace lupy: virtuální mikroskop (JavaScript)I 3. generace lupy: obraz ve formátu jpeg2000

I obrazy do velikosti 2700 pxI zvetšení obrazu a pohyb obrazem

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas





I možnost otevrení malého okna pevné velikostiI nactení obrazu v plné velikostiI cvakáním myší do základního okna se

synchronizovane posunoval obraz v malém okne

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas





I aplikace zprístupnující velké obrazy (Aperio)I nacítají se jen nutné cásti obrazuI základní verze je volne k dispozici, soucástí je i

generátor (Windows)I placené verze umožnují prizpusobení a anotaci

obrazu

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas





I otevírá se okno základního obrazu i lupyI obrazem lze posunovatI je možné menit zvetšeníI u obrazu snímaných ve více rovinách lze ostritI systém vyžadoval na dílky uložený obraz na serveru

(miliony dílku)

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas





I obraz ve formátu jpeg2000, server generujeobrazové dílky (jpg) 512×512 px

I kompresi lze nastavit podle rychlosti síteI další informace (anotace) jsou v databáziI chod vpred i vzad, možnost uložit polohy mikroskopuI na nastavené polohy je možné generovat odkaz

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Další možnosti práce s obrazy

I JavaScriptem ovládaná výmena zdroje obrazuI Anotace, aktivace šipekI Další možnosti

I posunování obrazu, zmena zvetšeníI simulace fokusování u histologického obrazuI procházení prostorových a casových rovin u rtg

snímkuI skládání obrazu z barevných složek (FISH)

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I možnost otevrení okna se seznamem znakuI zobrazení šipek smerujících na jednotlivé znakyI tvary a souradnice šipek jsou uložené v databázi

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I export odkazu na vybranou cást obrazuI pohyb v historii prohlíženíI uložení vybraných cástí obrazu pro využití napr. ve

výuce

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Spolupráce s ÚVT MU a CESNET

I Spoluúcast na grantechI Využití výpocetních prostredku MetacentraI Spolupráce

I výzkumný zámer c. 00065269705 (MZ CR), puvodnísnímací mikroskop Leica DMLA

I MEFANET: Budování vzdelávací síte lékarských fakult CRpro tvorbu a sdílení výukových materiálu na spolecnéplatforme (od 1. 1. 2009)

I MediGrid (AV CR): automatický snímací mikroskop Nikonvcetne kamery, ovládacího software a rídicích pocítacu

I OP Vzdelávání pro konkurenceschopnost 2012 – 2015:Výuka patologie pomocí hypertextových výukovýchmateriálu a obrazových databází pro magisterské,pregraduální, doktorské i postgraduální studium

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I finalizace velkých obrazu (rotace, orezy. . . )I archivace obrazu (pres 90 TB)I vystavení atlasu na webu

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I sdílení atlasu prostrednictvím federací identit:RNDr. Michal Procházka, PhD a ing. Luboš Kopecký

I skládání obrazu: RNDr. Vladimír Ulman, PhDI databázové rešení anotací: Mgr. Slávek LicehammerI príprava vstupních dat z SCN a CZI do formátu

JPEG2000: RNDr. Lukáš Hejtmánek, PhD,Bc. Viktória Spišaková

I soucasná podoba rozhraní atlasu: Pavel Beran,RNDr. Lukáš Hejtmánek, PhD

I serverové rešení založené na formátu jpeg2000:RNDr. Lukáš Hejtmánek, PhD

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Kapitola atlasu

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Kapitola atlasu, seznam obrazu

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Aktivace šipek v obraze

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Šipky, detail obrazu

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Hypertextový atlas patologie

I Grant vzdelání a konkurenceschopnost, 2011I Makroskopické i mikroskopické obrazyI RTG snímky vcetne CT a MR, snímky endoskopickéI Studentské kasuistikyI Spolupráce s LF ukoncena

I grant na vybudování atlasu pro pregraduální výukupatologie

I vybavení pro makroskopické snímky i video

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I mikroskopické preparáty s využitím ruzných metodI makroskopické snímky a videa z pitevnyI záznamy z prikrajování

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I víceoborová spolupráce (rtg, klinické obrazy)I úprava rozhraní pro procházení CT a MR

snímkových sérií

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I desítky studentských kasuistik

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas




I spolupráce a další práce na atlasech patologie,fetopatologie, patologie kostní drene i patologienovorozence byly ukonceny po mém vynucenémodchodu z lékarské fakulty

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Malouzlová cirhóza jater

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Strevní polypóza

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Endoskopická polypektomie

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Absces mozku, MR

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Karcinom ledviny

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Ukázka studentské kasuistiky

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Kontinuální rozvoj atlasu dermatopatologie

I Autorský kolektivI Spolupráce s švýcarskými a nemeckými pracovišti

na monografiíchI Monografie

I hlavní autori Feit, Jedlicková, Burg, Radovanic. . .I pocet príspevku vcetne odkazu je dostupný pres

seznam autoruI v soucasné dobe do atlasu prispelo cca 65

spoluautoru z ruzných zemí

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas





I G. Burg, W. Kempf, H. Kutzner a dalšíI práce na monografiíchI obrazový materiál pochází z podstatné cásti z Atlasu

dermatopatologie

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas





I Atlas of Dermatopathology: Practical DifferentialDiagnosis by Clinicopathologic Pattern, 2015

I Atlas of Dermatopathology: Tumors, Nevi, and Cysts,2018

I Atlas of Dermatopathology: Infectious diseases

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Atlas of Dermatopathology: PracticalDifferential Diagnosis by ClinicopathologicPattern

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Atlas of Dermatopathology: Tumors, Nevi,and Cysts

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Atlas of Dermatopathology: Skin Infections

Atlasy

J. Feit et al.

Úvod


Obrazy




Výukový atlas


Nosní rhinosporidiomykóza

Date post:	12-Jan-2020
Category:	Documents
Upload:	others
View:	1 times
Download:	0 times

Digitální atlasy patologie na ÚVT atlases.muni.cz - 5mmICS CON 40 · Atlas dermatopatologie...

Documents