+ All Categories
Home > Documents > Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury...

Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury...

Date post: 02-Mar-2019
Category:
Upload: dinhkiet
View: 221 times
Download: 0 times
Share this document with a friend
63
Keeling, 2004
Transcript
Page 1: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Keeling, 2004

Page 2: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Paulinella chromatophora

testátní améba křemitá schránka stabilní endosymbióza sinice

jediná známá “rostlinná” nerostlina

Page 3: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16

jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora

alignment plastidových genů

Page 4: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

co jsou řasy??? Adl et al. 2012

Page 5: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Kde v systému se nacházíme? Impérium: Eukaryota Říše: Rostliny – Plantae = Archaeplastida

společné znaky rostlinných skupin

vznik - před více než 1,5 miliardou let na souš - cca před 1 miliardou let

Dvě podříše - Biliphyta a Viridiplantae (Chloroplastida)

Page 6: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Glaucocystis nostochinearum

Kde v systému se nacházíme? Impérium: Eukaryota Říše: Rostliny - Plantae Podříše: Biliphyta Oddělení: Glaucophyta

Glaucophyta - nejmenší a nejpůvodnější rostlinná větev

fykobilizómy, ch a, peptidoglykanová BS

Page 7: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Cyanophora paradoxa

žije v planktonu kyselých sladkých vod

Page 8: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Kde v systému se nacházíme? Impérium: Eukaryota Říše: Rostliny - Plantae Podříše: Biliphyta Oddělení: Rhodophyta

zatím známo přes 6000 druhů, většina mořských

typické znaky životního cyklu: absence bičíkatých stádií, oogamický pohlavní proces

dvě třídy - Bangiophyceae a Florideophyceae

karposporofyt

karpospory 2n

tetrasporofyt

tetraspory n

gametofyt

spermácie

karpogonium

spermatangium

trichogyn

tetrasporangium

Page 9: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Chlorofyl d - objeven v malých množstvích u ruduch v r. 1943 – byl často považován za artefakt izolace

Potvrzen u Acaryochloris marina (sinice) Prochlorofyta

chlorofyl d u ruduch pravděpodobně pocházel z epifyticky žijící sinice, kde ve velkém množství (a:d = 1:30)

Page 10: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Pit - plugs

škrob v cytoplasmě

Page 11: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

hemiparazitická 2N tkáň (gonimoblast)

+ ♀výživná tkáň= cystokarp

sliz

♀ ♀

Page 12: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů
Page 13: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů
Page 14: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů
Page 15: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Cyanidium

nejpodobnější předkům chromistních chloroplastů?

diverzitu známe z environm. sekvenování

Page 16: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Galdieria

extrémně kyselé biotopy pH 0,8 - 1, teplota do 56ºC

3-11 μm

In acidic thermal springs in Naples

Page 17: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Ciniglia et al., 2004 Mol. Ecol. 13:1827-1838.

- Předek cyanidiofyt žil pravděpodobně v termálním a acidickém prostředí - Novější jsou invaze terestrických a bentických subanaerobních biotopů - Cyanidiophyta - řádově desítky druhů

Page 18: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Porphyridium

pouštní krusty, extrémní biotopy

PUFA

Page 19: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

terestrické ruduchy - Chroothece, Porphyridium

Page 20: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Porphyra

Page 21: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

sklizeň porphyry v marikultuře

Dr Kathleen Drew-Baker (1901-1957)

Page 22: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Bangia

Page 23: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Compsopogon

Page 24: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Batrachospermum

karposporofyt

Page 25: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

životní cyklus Batrachospermum

Page 26: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Chantransia (Audouinella) - sporofytní stádia batrachosperm a lemaneí

Page 27: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Lemanea

Page 28: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Hildenbrandia

sladkovodní ruduchy - bioindikátory oligosaprobních a oligotrofních zón vodního prostředí

Co to je saprobita? Intenzita hnilobných procesů ve vodním ekosystému. Saprobní index - číselná hodnota

saprobní hodnoty vycházející z druhového složení

Saprobní zóny - xenosaprobita, oligosaprobita, beta-mesosaprobita (klimax ve středních a dolních tocích temperátních ekosystémů), alfa-mesosaprobita, polysaprobita

Page 29: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Corallinales – „korálové ruduchy”

kalcifikace, rhodolity význam ruduch v ekosystémech korálových útesů

koralinová pláž - Hawaii

Kde nenajdeme korálové útesy?

Page 30: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Co tvoří korálový útes?

- koráli nesoucí Symbiodinium

- koralinní ruduchy, primární producent, transport C, K-stratégové

- ryby (predátoři)

klimaktický ekosystém, náchylný na disturbance (např. eutrofizace)

Page 31: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

rhodolith beds (maerl) – „ruduchové dno“

Phymatolithon Lithothamnion

Page 32: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

nekalcifikovaná genicula

negenikulátní (krustózní) koraliny

intertidální zóna

genikulátní koraliny

Page 33: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Corallina

subtropická a tropická moře všude na světě

Page 34: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

koralinátní negenikulátní ruduchy

Lithophyllum

korálové útesy, atoly - zejména Pacifik a Karibské moře

i epizoické

Page 35: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Hydrolithon

atoly, korálové útesy

Page 36: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Lithophyllum a Ezo

parazitická ruducha

Page 37: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Nemalion

subtropický druh

oblíbení sousedi svijonožci a přílipky

Page 38: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Gracilaria

Page 39: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Gelidium

agar

subtropická a tropická moře

Page 40: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

agar, karagen

Page 41: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů
Page 42: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Agar a agaróza

agarové misky

agarózový gel pro elektroforézu

Page 43: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Gigartina, Chondrus

„irský mech” (atlantické pobřeží Evropy, temperátní a subtropická moře) - karagen

centrum rozšíření mimo tropy

Page 44: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů
Page 45: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů
Page 46: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

rezistentní

náchylný

virulence Acrochaete ovlivněna složením BS hostitele (Chondrus)

Ulvophyceae

Page 47: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Ceramium

jeden z mála rodů žijících i v Baltu

Page 48: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

co jsou řasy??? Adl et al. 2012

Page 49: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Kde v systému se nacházíme? Impérium: Eukaryota Říše: Rostliny - Plantae Podříše: Viridiplantae - zelené rostliny

dvě vývojové linie - Chlorophytae a Streptophytae

mechorosty a cévnaté rostliny se ze streptofytní linie začaly vyvíjet asi před 700 milióny lety

Page 50: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Zechmann et al 2010, J. Phycol.

Page 51: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Verdigellas

Palmophyllum

Palmoclathrus

hlubokomořská skupina řas

Palmophyllum

Phalmophyllales

Page 52: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Leliaert et al. 2011

Page 53: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Pyramimonas

sladkovodní a mořští bičíkovci - popsáno několik nových tříd

Kde v systému se nacházíme? Prasinophyta – polyfyletická skupina

Nephroselmis

Page 54: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Marin & Melkonian

Protist 2010

Pyramimonadales

Prasinococcus/Prasinoderma

Mamiellophyceae

Pycnococcaceae

Nephroselmidophyceae

Chlorodendrophyceae

Page 55: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

trichocysty- extracelulární trávení

Pyramimonas

Page 56: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Organické šupiny

Cymbomonas

tetramitiformis

krabicovitá

limuloidní

malé čtvercové

Page 57: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Organické šupiny

Page 58: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Pterosperma

mořský fytoplankton - chladná moře fosilní záznamy z pozdního Prekambria (600 mil.let)

phycoma =nepohlavní cysta

fosilní

Page 59: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Micromonas – pikoplankton

oceánů, chladnější voda

Kde v systému se nacházíme? Třída: Mamiellophyceae

Page 60: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Ostreococcus

ubikvitní rozšíření, horní-osvětlené vrstvy oceánů

Vegetační zákaly v moři; nejmenší euk. genom

rozmnožují se pohlavně???

Page 61: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Kde v systému se nacházíme? Třída: Nephroselmidophyceae

převážně mořští bičíkovci

Page 62: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Tetraselmis

Splývání organických šupin v théku

Kde v systému se nacházíme? Třída: Chlorodendrophyceae sesterská skupina k UTC

Page 63: Keeling, 2004 - botany.natur.cuni.cz · Yoon et al., 2006, Curr. Biol. 16 jaderné genomy z kultury druhu Paulinella chromatophora alignment plastidových genů

Ekologie - endosymbionti různých heterotrofních organismů

Convoluta roscoffensis –

nemá ústa, symbióza s Tetraselmis Noctiluca

Radiolaria

Convoluta


Recommended