Celogenomové duplikace

Příklad duplikované oblasti genomu Paramecium tetraurelia (Aury et al., 2006)

Evoluce genomu trepky

(Aury et al., 2006)

Genové duplikace při vzniku eukaryot

Makarova et al., 2005

Příklad: rodina recA/Rad51

Kvantifikace HGT u sinicZhaxybayeva et al., 2006

A: funkční kategorizace genového „core“ sinic

B: funkční kategorizace genů s konfliktní topologií

61% genů (z 1128) s konfliktní topologií

23% genů (ze 700) s nemonofyletickými sinicemi

HGT: Prokaryota => Eukaryota

Donorové linie pro HGT do genomu Trichomonas vaginalis

Carlton et al., 2007

Funkční kategorie genů Entamoeba histolytica získaných HGT z prokaryot

Loftus et al., 2005

HGT rlp36 genu do plastidového genomu skrytěnek a

haptofyt Rice & Palmer, 2006

HGT: Eukaryota => Prokaryotatransfer fruktosabisfosfát aldolasy třídy I z ruduch do sinic

Rogers et al., 2007

HGT: Eukaryota => Eukaryotatransfer metabolických genů z vřeckovýtrusných hub do oomycet

Richards et al., 2006

Fylogeneze AraJ

(sacharidový transportér)

Změna funkce genu po HGT: CysN/NodQ

CysN/NodQ – podjednotka ATP surfurylasy u některých eubakterií:

původně elongační faktor EF-1 z archebakterií

Inagaki et al., 2002

HGT: transfer části genutransfer segmentu 16S rRNA genu z beta-proteobakterií do sinic (rod Acaryochloris)

Mimivirus: virus améby Acanthamoeba polyphaga s 1,2 Mbp genomem – pěkná evoluční slátanina!

Abbreviations for the COG functional categories are as follows: E, amino acid transport and metabolism; F, nucleotide transport and metabolism; J, translation; K, transcription; L, replication, recombination, and repair; M, cell wall/membrane biogenesis; N, cell motility; O, posttranslational modification, protein turnover, and chaperones; Q, secondary metabolites biosynthesis, transport, and catabolism; R, general function prediction only; S, function unknown.

Fylogenetický původ mimivirových HSP70

Ztráta genů vs. HGTDagan & Martin, 2007190 genomů => 57670 genových rodin

SO HGT1 HGT3 HGT7 HGT15