Laboratoř Konfokální a Fluorescenční Mikroskopie

Představení činnostísekčních servisních laboratoří

Čtvrtek 14. 6. 2018, 10:00 hodin

Mgr. Ondřej Šebesta

Laboratoř Konfokální a Fluorescenční Mikroskopie

● Sekční servisní pracoviště poskytující služby v oblasti optické a fluorescenční mikroskopie v OpenAcces režimu.

● Založena roku 2004 pod vedením Doc. Forstové.

● Od roku 2006 funguje pod dozorem Mgr. Šebesty, který byl jmenován vedoucím 2018.

● Od roku 2015 rozšíření a vybavení dalším konfokálním mikroskopem a super-resolution mikroskopem.

● Od roku 2018 další rozšíření a vybavení Lightsheet mikroskopem, novým live-cell imaging systémem, Virtual-slide systémem a dalším konfokálním mikroskopem.

● Do budoucna je třeba posílit personální zajištění chodu a nabízených služeb. V úvahu připadá také další rozšíření přístrojového vybavení.

Doc. RNDr. Jitka Forstová, CSc.

Leica TCS SP2

● Konfokální mikroskop z roku 2004● Odpracoval 12 877 hodin.● 2014 byl jako první zprovozněn na WIN7

● 18.6.2018 bude přestěhován na V5 do laboratoře Kateřiny Schwarzerové

● Stále vhodný pro všechny obrázky s vysokým rozlišením.

20042005200620072008200920102011201220132014201520162017

0:00

240:00

480:00

720:00

960:00

1200:00

1440:00

Přehled využití Leica TCS SP2

Roky

Ce

lko

vý p

oče

t účt

ova

nýc

h h

od

in

Trendy využití v jednotlivých měsících2017201620152014201320122011201020092008200720062005

Olympus Cell^R - Scan^R

● Wide-field systém optimalizovaný pro pozorování živých buněk.

● 2015 rozšířen o funkci Scan^R pro High Troughput Imaging (HTI)

● Výborná kamera dává v kombinaci s dobrými objektivy a případnou dekonvolucí skvělé obrázky

● Volně kombinovatelné excitační a emisní filtry

● Komůrka OKOLAB s kontrolou teploty -5°C až 50°C

● Plyny: CO2 0-20%, O

2 1-95%

● Výměnné inserty pro sklíčka, petriho misky a všechny typy multiwell destiček

● Umístěna na vozíku pro možné použití i na jiných mikroskopech.

Zeiss Elyra SP.1 super-resolution

● Optický nanoskop z roku 2015● SIM – Structured illumination microscopy● PALM, STORM – lokalizační metody● TIRF, VAEM● Laser wide-field● Lamp wide-field● sCMOS a EM CCD kamera

● Potřeba naplnit indikátor 30ti vědeckých publikací do roku 2020 !!!

Mgr. Marie Olšinová Ph.D.

Expert na Elyru a super-resoluční techniky

Le

den

Únor

Březe

n

Duben

Květe

n

Červe

n

Červe

nec

Srpen Zář

íŘíje

n

Listo

pad

Prosin

ec00:00

120:00

240:00

360:00

480:00

600:00Využití Zeiss LSM 880

2018

2017

2016

2015

celk

em

ho

din

Zeiss LSM 880 konfokální mikroskop

● Konfokální mikroskop z roku 2015● 2x PMT 1x spektrální 32-kanálový GaAsP

detektor● 1P lasery 405, 458, 488, 514, 561, 633 nm● 2P Ti:Sa laser Chameleon Ultra II laditelný

od 690 do 1080 nm● 1x FLIM detektor B&H● 2x NDD detektor

● Od roku 2015 již 3918 účtovaných hodin● Argonový laser běžel 4567 hodin, tj. 15%

plonkového času!● Potřeba naplnit indikátor 50ti vědeckých

publikací do roku 2020 !!!RNDr. Radek Macháň Ph.D.

Expert na Elyru a super-resoluční technikyFLIM – Fluorescence Live-time ImagingFCS / FCCS – Fluorescence correlation spectroscopy

Poděkování v publikacích

Pokud budete výsledky měření na našich mikroskopech publikovat, uvádějte, prosím, dedikaci v českém nebo anglickém znění:

„Microscopy was performed in the Laboratory of Confocal and Fluorescence Microscopy co-financed by the European Regional Development Fund and the state budget of the Czech Republic. Project no. CZ.1.05/4.1.00/16.0347 and CZ.2.16/3.1.00/21515“

„Mikroskopická část práce vznikla v Laboratoři Konfokální a Fluorescenční Mikroskopie, která je spolufinancována Evropským fondem pro regionální rozvoj a státním rozpočtem České republiky. Registrační čísla projektů: CZ.1.05/4.1.00/16.0347 a CZ.2.16/3.1.00/21515“

Děkujeme.

Modernizace infrastruktury pro magisterské studium

Zeiss Z1

Lightsheet

Leica TCS SP8

Konfokální mikroskop

NIKON Eclipse Ti2-E

wide-field nejen pro živé buňky

Zeiss AxioScan

Virtual slide system

Zeiss Lightsheet Z1

● 2x sCMOS kamera s vodním chlazením● Pevnolátkové lasery 405, 488, 561, 638 nm● Páry 5x a 10x excitačních objektivů● Em. objektivy 5x/0,16 10x/0,5 20x/1,0

40x/1,0● Komůrky pro clearing 1,38 a 1,45 s 20x/1,0

objektivy s korekčními kroužky● Speciální komůrka n=1,45 pro 5x objektiv● Licence ZEN a ARIVIS pro 3D visualizaci● Analyzační počítač s 36TB místa na disku● Vyhřívaná komůrka s CO

2

Cena 14,5 mil. Kč s DPH

Instalace cca v půli prázdnin 2018

Umístění: S39

Možnost upgrade o 445 nm laser za cca 750 tis. Kč.

Leica TCS SP8

● High-end konfokální hlava Liachroic s optikou VISIR na plně motorizovaném Leica DMi8 těle

● HW autofokus● Lasery 405, Argon 458, 488, 514 65mW, 561, 633 ● 7 fps 512x512 při FOV 22 mm● 1xPMT detektor, 1xHyD detektor, 1xTLD pro

procházející světlo.● Objektivy 10x/0,3 20x/0,75 multiim. 63X/1,2 w a

63x/1,4 Oil, vše s DIC● Přesný motorizovaný stolek● Software pro skládání mozaikového obrazu, HCS

a udržení pohyblivého objektu v zorném poli

Cena 6,5 mil. Kč s DPH

Instalace cca v půli prázdnin 2018

Umístění: S39

Možnosti upgradů1) Bílý laser s AOBS a gating funkcí2) Další HyD dektory3) Interní FLIM detektory4) Lightsheet DLS modul● STED● FCS

NIKON Eclipse Ti2-E pro živé buňky

● Plně motorizované invertované tělo Eclipse Ti2-E● Perfect Focus System – HW autofokus● Motorizovaný stolek● DIC na objektivech 10x +● Excitace CoolLED pE-4000: 16 excitačních LED diod● Multipásmová dichroická zrcátka● Bariérové emisní filtry na samostatném výměníku● Objektivy: 4x/0,1 10x/0,3 20x/0,5 40x/0,75 60x/1,4 oil● Hamamatsu ORCA-Flash 4.0 V3 – 30 resp. 100Fps● IS 5.0 Mpix USB 3.0 color camera, 25 fps● Antivibrační podložky Eppendorf● OKOLAB vyhřívaná komůrka s CO

2 , vyhříváním objektivů

a humidifikátorem● NIS-Elements AR● 6D modul● Programování pomocí C+ v základním SW; možnost

rozšíření o moduly JOBS a GA3

Cena 3 mil. Kč s DPH

Instalace cca v půli prázdnin 2018

Umístění: Praktikum 108

Zeiss Axioscan.Z1 FL

● Mikroskop uzavřený ve světlotěsné bedně určený pro hromadné snímání mnoha preparátů

● Vytváří tzv. „virtual slides“ - digitální obrázky určené nejen pro online prohlížení

● Plně automatizovaný, sám hledá místa pro snímání a skládá velká pole

● Excitace Colibri.7 – 385, 430, 475, 511, 555, 590, 630, volitelně 750.

● Multipásmová dichroická zrcátka● Bariérové emisní filtry na samostatném výměníku● SW pro analýzu a on-line sdílení snímků● Programování maker

Cena 4,5 mil. Kč s DPH

Instalace cca v půli prázdnin 2018

Umístění: Praktikum 108

Co tedy nabízí KONFMI?

● Automatizované snímání BF i FL na wide-field mikroskopech téměř v celém viditelném spektru (slabé vybavení pro spektrum CFP-like barviček)

● Konfokální snímání, multidimenzionální snímání (min. 3D)● Měření emisních spekter vzorků● Krátkodobá i dlouhodobá měření živých vzorků● Možnost heat-shock experimentů● Možnost hypo a hyperoxických experimentů● Pozorování živých anaerobních vzorů● Snímání rychlých dějů (pohyb váčků, bičíků, iontových odpovědí)● Měření FRAP, FLIP, FRET● Měření FLIM, FCS a FCCS, RICS● Skládání detailních snímků velkých objektů (mozaika)● HTS – High Throughput Imaging (takové slabší HCS)● Měření v TIRF, VAEM, HILO● Super-rozlišení na principu SIM a SMLM

….a co neumí KONFMI, umí BIOCEV

Co dalšího nabízí KONFMI?

… Kromě zajištění běžného provozu:

● Konzultace k experimentům a jejich provedení● Pomoc při snímání, zpracování i analýze vašich dat● Možnost dekonvoluce pomocí vašich obrázků v SVI Huygens softwaru● Svá data stáhnete přes fakultní síť rovnou do svých počítačů● Všechna vaše data, zatím, archivujeme od roku 2004 (cca 3 mil. Souborů).

Další rozvoj KONFMI

1) Zajištění IT infrastruktury pro data2) Posílení personálního zajištění služeb3) Další investice do přístrojového vybavení

IT infrastruktura

Při plném vytížení všech přístrojů lze očekávat až 50 TB měsíčně!!!

Důraz na pohodlí uživatelů● Jednotný rezervační a fakturační systém CF● Zabezpečená data na jednom místě● Správa dat v databázovém systému OMERO● Možnost vzdálené práce s velkými daty● Archivace

Nutná investice cca 100 tis. EUR v roce 2019 do silného serveru a rychlé sítě

Posílení pracovní síly

Současný stav

Vědoucí: Ondřej ŠebestaSR: Marie OlšinováFLIM, FCS, SR: Radek MacháňAnalýza obrazu: Martin Schätz

Ondřej ŤupaExterní IT: Jaromír MartinásekIT, programátor: ???Lightsheet: ???

Investice do nových přístrojů

1) Spinning disk konfokál DragonFly2) Airyscan3) Bílý laser s AOBS a HyD detektorem4) Lightsheet na SP8 ???5) Drobné upgrady stávajícího vybavení6) Řekněte si, co potřebujete...

Jak se stát uživatelem?

1) Dejte nám vědět a přihlašte se do skupiny uživatelů na fakultní stránce KONFMI

2) Konzultujte s námi své potřeby3) Nechte se proškolit4) Pracujte, publikujte a děkujte (v článcích)

Jak se stát největším uživatelem?

Stroj Jméno Celkový časElyra lampWF Alvarez 17:30Elyra SR Dubenecká 40:15Leica TCS SP2 Humhalová 60:40Olympus Cell-R Šťáhlavský 180:25Olympus Scan-R Pavlů 218:54Zeiss LSM 880 Martinek 152:00

Nejaktivnější uživatelé dle strojového času za rok 2017

Laboratoř Konfokální a Fluorescenční Mikroskopie

Představení činností

sekčních servisních laboratoří

Děkuji za pozornostDotazy?

Mgr. Ondřej ŠebestaOndrej.sebesta@natur.cuni.cz Linka: 1061