Taxonomický systém bakterií• Podle
– Bergey’s manual of systematic bacteriology - systematická příručka
– Bergey’s manual of determinative bacteriology – určovací příručka
• 35 skupin podle fenotypové podobnosti• Nově snaha o zatřídění do 23 kmenů
podle fylogenetické příbuznosti– správnější, ale méně praktické– kmen zahrnuje obvykle více skupin– mnohé skupiny patří do více kmenů
Evoluce bakterií
Společný předek
BacteriaArchea
Eukarya
RostlinyHouby
Živočichové
Evoluce bakterií
Aquifex
Thermotoga
Zelené nesirnébakterie
Radiorezistentnímikrokoky
Spirochety
Zelené sirnébakterie
PlanktomycetyChlamydie
Grampozitivníbakterie
Proteobakterie
FlavobakterieCytophagaBacteroides
Cyanobakterie
Spirochety (1.skupina)• chemoorganotrofní• délka až 500 m• osové vlákno – spirálovitá struktura
zabudovaná do buněčné stěny– kontraktilní – vývrtkovitý pohyb
• některé druhy patogenní• Treponema pallidum – syfilis• Borellia burgdorferi – lymská borelióza
Borrelia burgdorferi
Treponema pallidum
Spirily (2.skupina)• spirální či vibroidní buňky• aerobní, heterotrofní• 1-2 bičíky• Bdellovibrio bacteriovorus = predátor
jiných bakterií• Helicobacter pylori – choroby žaludku
(vředy, gastritida, možná rakovina)
Gramnegativní aerobní nebo mikroaerofilní tyčinky a koky (4.skupina)• Obligátně aerobní nebo mikroaerofilní• Většina heterotrofní, některé autotrofní
(využívání H2)• Nesporulující• Obvykle mají bičíky• Hojně rozšířené
Gramnegativní aerobní nebo mikroaerofilní tyčinky a koky (4.skupina)• Agrobacterium tumefaciens
– napadá rostliny pomocí tzv. Ti-plasmidu– rostlina pak produkuje opiny
(aminokyseliny), kterými se bakterie živí– Ti-plasmid se integruje (začleňuje) do DNA
– využití v genovém inženýrství rostlin• Zoogloea – štěpení aromatických látek
– čištění odpadních vod
Gramnegativní aerobní nebo mikroaerofilní tyčinky a koky (4.skupina)• Methylomonas – schopnost využití
jednouhlíkatých sloučenin (methanol, methan…)
• Acetobacter – oxidace sacharidů a ethanolu na octovou kyselinu
– výroba octa– octovatění vína– striktně aerobní metabolismus– při nedostatku substrátu oxidace až na CO2
a H2O
Gramnegativní aerobní nebo mikroaerofilní tyčinky a koky (4.skupina)• Azotobacter – váže vzdušný N2
• Rhizobium – váže vzdušný N2, symbióza s kořeny rostlin (luskoviny)
– hlízkovité bakterie• Legionella pneumophila – legionářská
nemoc– přenos vodou, včetně trubek
• Neisseria gonorrhoeae – kapavka• Neisseria meningitidis – meningitida
Pseudomonas• = falešná mince• nefermentující tyčinky• aerobní, výjimečně respirace nitrátů• bohatý metabolismus – využívání
nejrůznějších uhlíkatých zdrojů– proteiny– lipidy– uhlovodíky – alifatické, aromatické– deriváty uhlovodíků – fenoly, chlorované
látky...• některé patogenní, kažení potravin
Fakultativně anaerobní gramnegativní tyčinky (5.skupina)• heterotrofní, občas autotrofní využití H2
• přepínání oxidační respirace a fermentace
• 4 podskupiny (čeledě)– Enterobacteriaceae - tyčinky– Vibrionaceae – zakřivené tyčinky– Pasteurellaceae – koky a tyčinky– ostatní – umělý taxon
Enterobacteriaceae• tyčinky, peritrichní• často patogeny či oportunní patogeny
– součást přirozené mikroflóry, který se může stát patogenem
• Enterobacter aerogenes – součást střevní mikroflóry, oportuntní meningitida
• Escherichia coli – součást střevní mikroflóry– indikátor fekálního znečištění– některé kmeny patogenní, produkce toxinů
(průjmy)– modelová, nejprozkoumanější bakterie
Enterobacteriaceae
• Salmonella – salmonelózy (zánět střeva)• Salmonella typhi – tyfus
– někteří lidé odolní, ale nakažliví - bacilonosoči• Shigella dysenteriae – úplavice• Yersinia pestis - mor
Vibrionaceae• delší zahnuté tyčinky• Vibrio cholerae – cholera• Vibrio fischeri – luminiscenční mořská
bakterie, symbióza s mořskými organismy, testy toxicity
Pasteurellaceaea• koky, krátké tyčinky• Haemophillus influenzae – meningitida
dětí
Ostatní• Zymomonas – fermentace sacharidů na
ethanol– vysoká odolnost k ethanolu– dosahuje vyšší konverze ethanolu než
kvasinky (přes 20%)– potenciál využití v lihovarnictví, hlavně při
produkci bioethanolu– způsobuje kažení nápojů, hlavně
alkoholických (pivo, víno)
Desulfobakterie (7. skupina)• obligátně anaerobní• anaerobní respirace síranů a síry na H2S
• zdroj elektronů H2 a jednoduché organické látky (kyseliny, ethanol)
• zdroj uhlíku stejný nebo CO2
• ve vodních sedimentech bez kyslíku –hnilobný zápach organicky znečištěných vod
• Desulfovibrio – v ropných polích (zdroj H2S v ropě)
Riketsie a chlamydie (9. skupina)• obligátní parazité obratlovců a členovců –
rozmnožování v cytoplazmě buněk– mj. obrana před imunitním systémem
• přenos hmyzem (vši, blechy…) na zvířata i člověka, pohlavní přenos
• Rickettsia prowazekii – skvrnivka (epidemický skvrnitý tyfus) – přenos vešmi
– nejpodobnější genom mitochondrii – potenciální předchůdce
Riketsie a chlamydie (9. skupina)• Chlamydie – patogenní, rozmnožování v
cytoplazmě hostitelských buněk– nejčastější pohlavně přenášené
mikroorganismy
Anoxygenní fototrofní bakterie (10. skupina)• fotosyntéza bez produkce kyslíku• speciální bakteriochlorofyly odlišné od
rostlinných– bakteriochlorofyl a, b – purpurové bakterie– bakteriochlorofyl G – heliobakterie– bakteriochlorofyl c, d, e – zelené bakterie
• zdrojem elektronů jsou redukované sirné sloučeniny (sulfidy, síra, thiosírany...) nebo jednodušší organické látky
Anoxygenní fototrofní bakterie (10. skupina)• zdroj uhlíku CO2 (autotrofie) nebo
organické látky (heterotrofie)• zdroj dusíku N2 nebo amonné ionty• při nedostatku světla aerobní respirace• časté ukládání síry uvnitř buněk i vně• 7 skupin podle chlorofylu a zdroje
elektronů
Oxygenní fototrofní bakterie (11. skupina)
• obsahují chlorofyl a (jako rostliny)• při fotosyntéze oxidují vodu na kyslík (zdroj
elektronů)• někdy též anoxygenní fotosyntéza v
přítomnosti sulfidů• při nedostatku světla i respirace a
fermentace – jen udržovací, nerozmnožují se• často tvorba vláken nebo shluků• některé druhy žijí symbioticky s eukaryemi
(houbami, rozsivkami) - vznik chloroplastů?
Oxygenní fototrofní bakterie (11. skupina)
• dvě podskupiny• Prochlorofyta – chlorofyl a i b• Cyanobakterie (sinice)
– více barviv– velmi přizpůsobivé (např. teplota 2-74°C)– autotrofní, schopnost fixovat vzdušný N2
– součást planktonu– „vodní květ“ v nádržích, kde je vysoká
koncentrace fosfátů – eutrofizace vody– produkce cyanotoxinů – zdraví škodlivé
Aerobní chemoautotrofní bakterie (12. skupina)• oxidace různých anorganických a
jednoduchých látek• akceptor elektronů kyslík, výjimečně
dusičnany• zdroj uhlíku CO2
• Thiobacillus, Thiothrix – oxidace redukovaných sirných sloučenin (sulfidy, síra) na sírany resp. H2SO4
– tvoří kyselé prostředí
Aerobní chemoautotrofní bakterie (12. skupina)• Gallionella – oxidace Fe2+ na Fe3+
– ucpávání trubek• Nitrosomonas – oxidace amoniaku na
dusitany– čištění odpadních vod
• Nitrobacter – oxidace dusitanů na dusičnany
– čištění odpadních vod
Kaulobakterie a planktomycety (13. skupina)
• Kaulobakterie –nepravidelné tvary
• Prostéky – úzké výběžky obsahující cytoplasmu
• Aerobní, heterotrofní• Dělení buněk:
– odštěpování prosték (pučení)– příčné dělení
• Caulobacter
Kaulobakterie a planktomycety (13. skupina)
• Planktomycety – bez prosték• Stébla – úzké výběžky bez cytoplasmy
– vázaní buňky na substrát– na konci oxidy železa a manganu
• Aerobní, heterotrofní• Planctomyces
Pochvaté bakterie (14. skupina)
• Tyčinkovité buňky obalené extracelulárním materiálem za tvorby pochvy – pseudomycelium
• Oxidy železa a manganu – žlutá až hnědá barva
• Aerobní, heterotrofní• Leptothrix
Myxobakterie (16. skupina)
• tyčinky• chemoheterotrofní• atrichní• klouzavý pohyb po substrátu pomocí
slizu• složitý životní cyklus za tvorby
buněčných valů a plodniček• rozkládají spektrum proteinů, lipidů a
polysacharidů pomocí extracelulárních enzymů
Myxobakterie (16. skupina)
• Myxococcus
Myxobakterie (16. skupina)
Grampozitivní koky (17. skupina)• chemotrofní• nesporulující• v různých shlucích (páry, tetrády…)• od obligátně aerobních až po obligátně
anaerobní• mnohé patogenní – léčba penicilinovými
antibiotiky• Staphylococcus aureus – hnisavé záněty
s různou vážností– produkce toxinů v potravinách
Grampozitivní koky (17. skupina)• Streptococcus – patogenní druhy,
rozklad krve, meningitida, záněty• Lactococcus – neškodný
– jen fermentační metabolismus za produkce kys. mléčné
– mlékárenství (jogurty, sýry, kysaná smetana…)
• Pediococcus – tvorba kyseliny mléčné– použití v uzenářství (chuť a ochrana proti
hnilobným bakteriím)– některé produkují biacetyl – kontaminace
piva
Grampozitivní koky (17. skupina)• Leuconostoc - heterofermentativní mléčné
kvašení (kys. mléčná, ethanol, CO2)– produkuje hodně slizu – průmyslová produkce
dextranu (náhražka krevní plazmy)– jinde na závadu (rosolovatění vod, shluky droždí…)
• Micrococcus – přísně aerobní– tvoří karotenoidní barviva – odolnost vůči UV záření
• Deinococcus – velmi odolný proti radioaktivnímu záření
– segmenty DNA – snadné opravy
Grampozitivní sporulující tyčinky a koky (18. skupina)• tvorba odolných spor• obvykle s bičíky• obligátně anaerobní až obligátně aerobní• většinou bohatý metabolismus
– velká produkce extracelulárních enzymů– rozklad různých polymerů– produkce antibiotik– neobvyklé kvasné produkty
Clostridium• Striktně anaerobní fermentační
metabolismus• Citlivost na kyslík• Neobvyklé fermentační dráhy, produkce
H2, kyselin, acetonu, butanolu (výroba)• Nebezpečné patogeny, kažení potravin• Clostridium tetani – tetanus, produkce
neurotoxinu tetanospasminu• Clostridium botulinum – produkce tzv.
botulotoxinu (prudký jed) při nedokonalé sterilaci konzerv
Bacillus• fakultativně aerobní• tvorba peptidových antibiotik (bacitracin)• některé patogenní• produkce nejrůznějších sacharolytických
enzymů– průmyslová produkce amylas (pivovarství)– máčení lnu
• Bacillus anthracis – sněť slezinná (anthrax), biologické zbraně, terorismus
Grampozitivní sporulující tyčinky a koky (18. skupina)• Deslufotomaculum – nepatogenní
– anaerobní respirace sirných sloučenin (siřičitany, sírany), produkce H2S
Grampozitivní nesporulující tyčinky pravidelného tvaru (19. skupina)• Heterotrofní• Různý vztah ke kyslíku• Lactobacillus - mikroaerofilní
– mléčné kvašení– mlékárenský průmysl (sýry, kefír, jogurty…)– součást střevní i vaginální mikroflóry savců
• Listeria monocytogenes – listerióza– nákaza hlavně z potravin– rozmnožování i při 4°C (lednice) -
psychrofilní– vysoká úmrtnost (kojenci,důchodci), potraty
Grampozitivní nesporulující tyčinky nepravidelného tvaru (20. skupina)
• Heterotrofní• Různý vztah ke kyslíku• Cellulomonas – schopnost rozkládat
celulózu pomocí extracelulárních enzymů (celuláz)
• Corynebacterium diphteriae – záškrt• Bifidobacterium – součást střevní a ústní
mikroflóry savců– probiotika
Mykobakterie (21.skupina)• Grampozitivní, aerobní, tyčinky• Nepohyblivé, nesporulující• Pomalu rostou• Někdy tvoří vlákna• Mycobacterium tuberculosis -
tuberkulóza
Aktinomycety (22.-29.skupina)
• Grampozitivní, heterotrofní• Větvící se vlákna (hyfy)
– shluk vláken = mycelium– rozpad vláken
• Až na výjimky půdní bakterie• Význam v koloběhu prvků• Plísňový pach• Některé patogenní pro zvířata i rostliny• Producenti antibiotik
Aktinomycety (22.-29.skupina)
• Frankia – půdní, fixace N2, symbióza s rostlinami podobná hlízkovitým bakteriím
• Streptomyces – půdní, vláknité– producenti antibiotik – průmyslová výroba– plísňový zápach půdy– největší genomy mezi bakteriemi
Mykoplasmata (30.skupina)• Bez buněčné stěny• Různý tvar buněk (chybí tvarování
buněčnou stěnou)• Malé buňky (200 nm)• Velmi malé genomy• Vyžadují cholesterol a mastné kyseliny• Různý vztah ke kyslíku• Saprofyté, parazité, patogeny• Mycoplasma pneumonie – katar horních
cest dýchacích, pneumonie