Intro Seminář ZS 2014-2015

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

Sněhurka

• Výpočetní cluster pro rozsáhlejší simulace• 96 výpočetních jader• Lze využít až 288 GB RAM• K dispozici až 12 TB na úložném prostoru

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

Jak se stát uživatelem

• Kontakty:– Dr. Martin Mádlík : Martin.Madlik@mff.cuni.cz– Dr. Oldřich Ulrych : Oldrich.Ulrych@mff.cuni.cz

• Web– http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/jak-se-stat-uzivatel

em/

Uvést kontaktní email, školitele, …Přihlášení pod stejným heslem jako do emailu

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

Softwarové vybavení

• PuTTY – freeware SSH klient (spouštěč kódu)– download: http://www.putty.org/– není třeba instalovat

• WinSCP – freeware SFTP klient (správa dat)– download: http://winscp.net/eng/docs/lang:cs– přenášení dat mezi serverem a lokálním PC– instalace

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

WinSCP

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

WinSCP

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

WinSCP

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

PuTTY

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

PuTTY

Při psaní hesla se nezobrazují žádné znaky **** nebo

Kurzor bliká na stejném místě!

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

PuTTY

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

Příprava skriptu

... Your R code ...

write(Stat[q],"/srv/groot/dvorakm/vypocty/result.txt",append=TRUE

)

Nelze použít většinu knihoven v R

Program1.R

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

Příprava úlohy

#!/bin/bash#PBS -q queue1#PBS -m abe#PBS -M dvorakm@karlin.mff.cuni.cz#PBS -N Test1

export PBSBINDIR="/usr/local/sbin"

module load R/3.0.3-gnu-mkl

cd vypoctyR --no-readline --save < program1.R

save file as Uloha1.txt

http://cluster.karlin.mff.cuni.cz/

Spuštění úlohy

qsub uloha1.txt