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L ausanne, 16 mars 2015 - Swiss Institute of Bioinformatics · L L n U tu in m a ré C e Io S in n...

Date post: 05-Jul-2020
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 L L n U tu in m a ré C e Io S in n u d N P Lausanne, Le traiteme nouvelles p Un moyen umorale eff nterdisciplin modélisation pproche ex ésultat. Cette étude expérimenta oannis Xen Sein-CHUV, nstitutions s ovateur en tiliser la mo es cellules National Sui Plos Compu Le di Les m infiltr leur angio fonct esse canc Une La no et d modé immu L’étu mono 16 mars 2 ent du ca possibilité de reprogr ficace a é naire qui po n mathéma xpérimental a été me ale, Centre narios (UNI UNIL). Au scientifiques tre l’oncolo odélisation de patient sse pour la utational Bio ialogue mo monocytes ent égalem capacité à ogénique) e tion immuno ntielles au ers humain approche i ouvelle app u SIB con élisation po unosuppres de a démo ocytes sang 015 ncer du s és ammer une été révélé orte sur le atique et d e traditionn née conjoi Ludwig de L, SIB, Vita u-delà d’être s nationale ogie expérim pour guide tes atteinte a Recherche ology témoig onocyte-tum sont des c ment les tum induire le et à suppri osuppressiv développem s sont enco interdiscip proche interd nsiste à c our identifier ssives des m ontré que, c guins atteig sein - un a e réponse par les ré cancer du e l’expérim nelle aurait ntement pa e l’UNIL po al-IT) et le e une mani s de pointe mentale et er l'identifica s d’un can e Scientifiqu gnent de la meur ellules imm meurs. Dan développe mer la rép ve). Combi ment de la ore largeme plinaire pou disciplinaire conjuguer r ces méca monocytes d chez les pat gnent la tum appui mat immunitair ésultats d’u sein (1) . Grâ mentation, 2 nécessité 5 ar la Docte our la rech Professeu ifestation d e, la particu la modélisa ation d'app cer du sein ue et la pub validité scie munitaires c ns ce conte ement du r ponse immu en même c tumeur, leu ent inconnus ur trouver l e amenée p l’oncologie nismes et b dans le can tientes atte meur, ils aug thématiqu e défectue une récente âce à la co 20 expérie 596 expérie eure Marie- herche sur ur Jean-Fra e la collabo ularité de lation. En e proches thé n. Le soutie blication de entifique et irculant dan exte, les mo réseau san unitaire dirig ces fonctio urs mécanis s. la faille par les cher clinique e bloquer les ncer du sein eintes d’un c gmentent ra e à l’onco use en un e étude trombinaison nces ont s nces pour -Agnès Dou le cancer) nçois Dela oration con étude résid effet, elle es rapeutiques en obtenu a ses résulta du potentie ns le sang. onocytes so nguin tumor gée contre ns sont rec smes sous-j cheurs du C et expérim fonctions a n. cancer du s adicalemen ologie offr ne réponse anslationelinnovante suffi, là où obtenir le m ucey (Onco ), le Profe aloye (Cent ntinue entre de dans l’a st la premi s efficaces auprès du ats dans la r el de ce trav De ce fait, ont connus ral (dite fon la tumeur connues co jacents dan CHUV, de lmentale ave angiogéniqu sein, lorsqu nt leurs fonc re de anti- le ou de la ù une même ologie sseur re du e trois alliage ère à dans Fond revue vail. elles pour nction (dite omme ns les UNIL ec la ues et ue les ctions
Transcript
Page 1: L ausanne, 16 mars 2015 - Swiss Institute of Bioinformatics · L L n U tu in m a ré C e Io S in n u d N P ausanne, e traiteme ouvelles p n moyen morale eff terdisciplin odélisation

 

L Ln Utuinmaré CeIoSinnudNP

Lausanne,

Le traitemenouvelles p

Un moyen umorale effnterdisciplinmodélisation

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Cette étudeexpérimentaoannis Xen

Sein-CHUV,nstitutions sovateur entiliser la moes cellules

National SuiPlos Compu

Le diLes minfiltrleur angiofonctessecanc Une La noet dmodéimmu L’étumono

16 mars 2

ent du capossibilité

de reprogrfficace a énaire qui pon mathémaxpérimental

a été meale, Centre narios (UNI UNIL). Au

scientifiquestre l’oncoloodélisation de patient

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ogénique) etion immunontielles au ers humain

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de a démoocytes sang

015

ncer du sés

rammer uneété révélé orte sur le atique et de traditionn

née conjoiLudwig de

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ment les tum induire leet à suppriosuppressivdéveloppems sont enco

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ntement pae l’UNIL poal-IT) et le e une manis de pointementale et er l'identificas d’un cane Scientifiqugnent de la

meur ellules imm

meurs. Dandéveloppe

mer la répve). Combiment de la ore largeme

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chez les patgnent la tum

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ur trouver le amenée pl’oncologie nismes et bdans le can

tientes attemeur, ils aug

thématiqu

re défectueune récenteâce à la co20 expérie596 expérie

eure Marie-herche sur ur Jean-Frae la collaboularité de l’ation. En e

proches thén. Le soutieblication de entifique et

irculant danexte, les moréseau sanunitaire dirigces fonctiours mécaniss.

la faille par les cher

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De ce fait,ont connusral (dite fon la tumeurconnues cojacents dan

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sein, lorsqunt leurs fonc

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e trois alliage ère à dans Fond revue vail.

elles pour

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Ioannis Xenarios Jean‐FrancoisDelaloye

Marie‐Agnès  Doucey

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Why do we need a dynamical model?

Minimal combination to activate D, E, F and G:

Stimulations

Interactions identified experimentally

Targets

Simple case

Complex case

The state of E is defined by the dominant effect (either activation 

by A or inhibition by B)

E = A AND NOT B

Logic function to define the state of E

Model defined by a system of logic functions (one function per node)

Example

The problem can be formulated as Minimum matching in a bipartite graph 

(dynamical model not needed)

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Model construction

‐ 7 receptors‐ 11 secreted factors

Filtering:* Amplitude of change (upper/lower quartile of variation)* Reproducibility (3/4 biological replicates)* Coherent variation across stimulation experiments

Experiments

Stimulations

Input Output

Observations

924 possible links(7 receptors x 11secreted factors x 12stimulations)

74 links

Growing the network

12x


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