+ All Categories
Home > Documents > Inovace studia molekulární a buněčné...

Inovace studia molekulární a buněčné...

Date post: 27-Aug-2019
Category:
Upload: truongdieu
View: 225 times
Download: 0 times
Share this document with a friend
53
Investice do rozvoje vzdělávání Inovace studia molekulární a buněčné biologie I ti d j dělá á í Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky.
Transcript
Page 1: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

Investice do rozvoje vzdělávání

Inovace studia molekulární a buněčné biologie

I ti d j dělá á í

Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky.

Page 2: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

Investice do rozvoje vzdělávání

Buněčná biologie 2: KBB/BB2Buněčná biologie 2: KBB/BB2

I ti d j dělá á í

Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky.

Page 3: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

Investice do rozvoje vzdělávání

Enzymyy y

Prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, Ph.D.

I ti d j dělá á í

Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky.

Page 4: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

Investice do rozvoje vzdělávání

Cíl přednáškyCíl přednáškySeznámit se strukturou, funkcí a regulací enzymů

Klíčová slova:Struktura, kofaktory, kinetika, regulace aktivity

I ti d j dělá á í

Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky.

Page 5: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

OSNOVA

1.Struktura, funkce, klasifikace

2 K f k2.Kofaktory

3 Enzymová kinetika3.Enzymová kinetika

4.Regulace enzymové aktivityg y y

5.Diagnostický význam enzymů

I ti d j dělá á í

Page 6: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

OSNOVA

1.Struktura, funkce, klasifikace

2 K f k2.Kofaktory

3 Enzymová kinetika3.Enzymová kinetika

4.Regulace enzymové aktivityg y y

5.Diagnostický význam enzymů

I ti d j dělá á í

Page 7: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

ENZYMY = BIOKATALYZÁTORY• Chemické přeměny v organismu• Transformace různých forem energie• Zvýšení reakční rychlosti

S = substrát; látka, na kterou působí enzymE-S = komplex enzym-substrát; přechodný stavP = produktý y

• Snížení energetické bariéry

E +S ES E + P

P produkt

• Biochemické reakce v organismu mohouprobíhat rozumnou rychlostí za fyziologickýchp y y g ýpodmínek

I ti d j dělá á í

Page 8: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

ZÁKLADNÍ VLASTNOSTI ENZYMŮ• SPECIFICITA* Substrátové specificita / stereospecificita

Katalytická / kinetická specificita

• Obrovská katalytická síla

• Kontrolovaná (regulovaná) činnost v odpověď na potřeby buňkyKontrolovaná (regulovaná) činnost v odpověď na potřeby buňkyaktivaceinhibiceexpresep

• Organizace multienzymové komplexyenzymové řetězce vázané v membránáchy

*Absolutní specificita = reaguje pouze s jediným substrátemAbsolutní specificita = reaguje pouze s jediným substrátemSkupinová specificita = reaguje s podobnými molekulami/stejnou funkční skup.„Linkage specificity“ = catalyzuje specifickou kombinaci vazebStereo-specificita = pracuje s D- nebo L- formou

I ti d j dělá á í

Stereo-specificita = pracuje s D- nebo L- formou

Page 9: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

MECHANISMUS ÚČINKU ENZYMŮ• AKTIVNÍ MÍSTO = specifickáoblast enzymu

• kapsa nebo kleště (relativně malá částmolekuly proteinu) obklopená bočními řetězciy

• vazba substrátu – ES komplex• vazba kofaktoru• katalytická událost (reakce)

í

y p pamino kyselin (pocházející z jiné části nežz lineární sekcvence), která:(i) Pomáhá vazbě substrátu a kofaktoru

Ú í é• uvolnění produktu (ii) Účastní se katalytického procesu(iii)Je důležitá pro konformační změny

Multilayer, nanoscale active site ofNitrile hydratase from Pseudomonas putida Nitrile hydratase from Pseudomonas putida.

http://www northeastern edu/news/stories/2009/02/enzymes html

I ti d j dělá á í

http://www.northeastern.edu/news/stories/2009/02/enzymes.html

Page 10: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

MECHANISMUS ÚČINKU ENZYMŮůInterakce postranních řetězců aminokyselin v aktivním místě určuje

substrátovou specificitu:

HYDROFOBNÍ INTERAKCE V l L Il• HYDROFOBNÍ INTERAKCE – Val Leu Ile

• ELEKTROSTATICKÉ INTERAKCE – Asp Glu Lys Arg His

• VODÍKOVÉ MŮSTKY – Ser Thr Cys TyrVODÍKOVÉ MŮSTKY Ser Thr Cys Tyr

I ti d j dělá á í

Page 11: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

INTERAKCE ENZYM-SUBSTRÁT

• LOCK-AND-KEY MODEL• Fischerův modelFischerův model• TEMPLATE HYPOTHESIS• aktivní místo enzymu je komplementární tvaru substrátuy j p• aktivní místo je rigidní

I ti d j dělá á í

Page 12: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

INTERAKCE ENZYM-SUBSTRÁT• INDUCED FIT MODEL• Koshlandův model• teorie indukovaného přizpůsobenít or n u o an ho př způso n• dominantní model pro enzymatickou katalýzu• aktivní místo má tvar komplementární substrátu pouze po vazbě substrátu.Enzym a/nebo substrát jsou deformovány vazbou E-S. Substrát je „vtlačen“y j y jdo konformace přechodného stavu – je podpořena konverze substrátu naprodukt.

STABILIZACE PŘECHODNÉHO STAVUSTABILIZACE PŘECHODNÉHO STAVU• určuje, která z několika možných reakcí aktuálně proběhne• reakce je urychlena díky optimální orientaci štěpených vazeb Konformace

Př h d éh

S SAktivní místo

Přechodnéhostavu

E S+ E S

I ti d j dělá á í

Page 13: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

STRUKTURA ENZYMŮ

PROTEIN Kovový ion

PROTEINY

PROTEIN(APOENZYM)

Á ČÁ

Kovový ion

Koenzym( l bě á ý)NEPROTEINOVÁ ČÁST

(KOFAKTOR)(slabě vázaný)

Prosthetická skupinap(pevně vázaná)

RNA Rib ( t i é bi k t l át )RNA • Ribozymy (ne-proteinové biokatalyzátory)• některé RNA se mohou chovat jako enzymy

• RIBONUCLEASA P – RNA, která štěpí pre-t RNA a formuje tRNA• pre-RIBOSOMÁLNÍ RNA z protist tetrahymena:(i) Katalyzuje self-excision a splicing intronu (413 nukleotidů)(ii) Ch jí j k SKUTEČNÉ ENZYMY

I ti d j dělá á í

(ii) Chovají se jako SKUTEČNÉ ENZYMY

Page 14: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

NOMENKLATURA ENZYMŮTRIVIÁLNÍ – pepsin, thrombin, ptyalinSYSTEMATICKÉ (popis funkce enzymu)EM KÉ (p p f ym )

LAKTÁT DEHYDROGENASA Doporučené (zkrácené)

substrát reakce

Doporučené (zkrácené)

EC IUBL-LAKTÁT: NAD OXIDOREDUKTASA EC IUB

substrát reakcekoenzym

~ 2500 – 3000 enzymů

I ti d j dělá á í

Page 15: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

KLASIFIKACE ENZYMŮ• Podle typu katalyzované reakcePodle typu katalyzované reakce

1. OXIDOREDUKTASY – katalyzují oxidační (redukční) reakce(alkohol dehydrogenasa EC 1.1.1.1)

2 TRANSFERASY k t l jí t f f kč í k i j d é l k l2. TRANSFERASY – katalyzují transfer funkční skupiny za jedné molekulyna jinou molekulu (glukokinasa EC 2.7.1.2)

3. HYDROLASY – katalyzují hydrolytické štepení( lukosa 6 fosfát fosfatasa EC 3 1 3 9)(glukosa-6-fosfát fosfatasa EC 3.1.3.9)

4. LYASY – katalyzují odstranění skupin, adici skupin na dvojnou vazbu,štepení zahrnující rearrangement (pyruvát dekarboxylasa EC 4.1.1.1)

5 ISOMERASY – katalyzují intramoleculární rearrangement5. ISOMERASY – katalyzují intramoleculární rearrangement(triosa-fosfát isomerasa EC 5.3.1.1)

6. LIGASY – katalyzují reakce kde se spojují 2 molekuly (potřeba ATP !!)(pyruvát karboxylasa EC 6 4 1 1 )(pyruvát karboxylasa EC 6.4.1.1.)

EC systém EC 1.1.1.27Třída

oxidoreduktasa

část molekuly kofaktor

pořadí

I ti d j dělá á í

část molekulykde probíhá reakce

kofaktorNAD+

Page 16: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

STRUKTURA A ORGANIZACE ENZYMŮ1 d é

ENZYMYMONOMERY

1 doménaváže substrát i kofaktor

2 doményEN M 2 doménysubstrát a kofactor vázanéV různých doménách

OLIGOMERY

Katalytické a regulační podjednotky

OLIGOMERYIdentické podjednotky

• MULTIFUNKČNÍ ENZYMY – více katalytických míst (různé reakce)y ý m ( )v jednom polypeptidovém řetězci – fatty acid synthase

• MULTIENZYMOVÉ KOMPLEXY – vysoce organizované soustavy několikaů ůdruhů enzymů – pyruvate dehydrogenase complex, respiratory chain

• ISOENZYMY – Katalyzují identické reakce, liší se ve struktuře aů á á ů á

I ti d j dělá á í

vlastnostech – různá afinita k substrátu, různá lokalizace

Page 17: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

OSNOVA

1.Struktura, funkce, klasifikace

2 K f k2.Kofaktory

3 Enzymová kinetika3.Enzymová kinetika

4.Regulace enzymové aktivityg y y

5.Diagnostický význam enzymů

I ti d j dělá á í

Page 18: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

KOFAKTORY ENZYMŮ• Malé heterocyklické molekuly nebo ionty potřebné k průběhu enzymové reakce• Funkce: donory nebo or akceptory funkčích skupin, atomů, elektronůV b d kti íh í t• Vazba do aktivního místa

• Transfer skupiny (atomu) na/z substrátu• Strukturně podobné vitamínům rozpustným ve vodě

H2CHC

OHOH

CH3

HC OHNAD+

GDP LDCH2 O P

HC

COOH

OHGDP

E2

LD

E1 KOENZYMGAPDH

H2C

C

OH

OCH3

C O

2

NADH+H+

KOENZYM

Lactate dehydrogenase LDH

CH2 O P COOH

I ti d j dělá á í

Page 19: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

KOFAKTORY ENZYMŮPROSTHETICKÁ SKUPINAPevná integrální součást enzymu

COOHN

HC

H2O2E

FAD

g y

RNH HC

oxidasa AMK

COOHCR

HN O2

EFADH2

Amino acid oxidase

I ti d j dělá á í

Page 20: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

KOFAKTORY ENZYMŮKOFAKTORY OXIDOREDUKAS• transfer redukčních ekvivalentů• (-H*; H+; H-; e-)a) Transfer částic vodíku)• NAD+; NADP+ - nikotinamid; nikotinová kyselina• FMN; FAD – riboflavin = vitamín B2

Li á k li k Q ( bi i )• Lipoová kyselina; koenzym Q (= ubiquinon)• Askorbát (= vitamín C)• Tetrahydrofolát (= kyselina listová)Tetrahydrofolát (= kyselina listová)

b) Transfer elektronů• Cytochromy (hem FeIII FeII) Riboflavin• Cytochromy (hem FeIII FeII)VITAMÍNY – organické moleculy – esenciální pro biologické procesy vyššíchorganismů – nemohou být syntetizovány lidskými tkáněmi – mnoho z nich slouží

(vitamin B2)

I ti d j dělá á í

g ý y y ýjako koenzymy

Page 21: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

KOFAKTORY ENZYMŮ

KOFAKTORY TRANSFERAS, LYAS, LIGAS• transfer funkčních skupin• transfer funkčních skupin

• ATP P; P-P; P-rib-AdPyridoxal fosfát NH CO VITAMIN B6• Pyridoxal fosfát NH2, CO2 VITAMIN B6

• Thiamin pyrofosfát C2 VITAMIN B1• Tetrahydrofolát C1 KYSELINA LISTOVÁ• Biotin CO BIOTIN• Biotin CO2 BIOTIN• S-Adenosylmethionin (SAME) CH3• Koenzym A R-CO- PANTHOTHENOVÁ KYS.

Panthotenic acidVit min B6Vitamin B1

I ti d j dělá á í

biotinPanthotenic acidVitamin B6Vitamin B1

Page 22: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

NADP+NAD+

KOFAKTORY ENZYMŮ – NAD, NADPNADP+NAD+

• NAD+, NADP+ - dehydrogenace –OH a –NH2 skupin• NADH + H+ - H atomy jsou transferovány na O2 H2ONADPH H H l ží j k d kč í é ( é k )

I ti d j dělá á í

• NADPH + H+ - H atomy slouží jako redukční agens pro syntézy (mastné kys.)

Page 23: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

WARBURGŮV OPTICKÝ TEST

Ott H i i h W bOtto Heinrich Warburgborn October 8, 1883, Freiburg im Breisgau, Germanydied August 1, 1970, West Berlin, West Germany

Redukovaná forma NADH má charakteristickou absorbci při340 nm. Oxidovaná forma v této oblasti neabsorbuje. V daném

řádá í b b ří ú ě á ž í N DH

I ti d j dělá á í

uspořádání je absorbce přímo úměrná množství NADH.

Page 24: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

KOFAKTORY ENZYMŮ

• přenos acyl skupiny• aktivace karboxylových kyselin

Koenzym A

aktivace karboxylových kyselin• degradace a syntéza mastných kyselin

R COOH HS C A R COSC A H OR-COOH + HS–CoA R-COSCoA + H2O

Acyl-koenzym AThioester (makroergická slouč.)( g )

I ti d j dělá á í

Page 25: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

KOFAKTORY ENZYMŮ

ASKORBÁT – vitamín C• antioxidant• kofaktor hydroxylačních reakcí (mono-, dioxygenasy)

té h d li h d l i k l

ASKORBÁT – vitamín C

• syntéza hydroxyprolinu, hydroxylysinu – kolagen• 7 hydroxylace cholesterolu – žlučové kyseliny• syntéza karnitinuhydroxylace dopaminu noradrenalin• hydroxylace dopaminu noradrenalin

I ti d j dělá á í

Page 26: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

KOFAKTORY ENZYMŮ

Kovy a stopové prvky – důležité kofaktory enzymůy p p y y y

Kov Příklad enzymu Úloha kovu

Fe Cytochrome oxidase Oxidation/reductionCu Ascorbic acid oxidase Oxidation/reductionZ Al h l d h d s H l s bi d NAD+Zn Alcohol dehydrogenase Helps bind NAD+

Mn Histidine ammonia-lyase Aids in catalysis byelectrone withdrawal

Co Glutamate mutase Co is part of cobalamineCo Glutamate mutase Co is part of cobalamineNi Urease ?Mo Xanthine oxidase Oxidation/reduction?V Nitrate reductase Oxidation/reduction?V Nitrate reductase Oxidation/reduction?Se Glutathione peroxidase Replaces S in one cysteine

in active site

I ti d j dělá á í

Page 27: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

OSNOVA

1.Struktura, funkce, klasifikace

2 Kofaktory2.Kofaktory

3.Enzymová kinetika3.Enzymová kinetika

4.Regulace enzymové aktivity

5.Diagnostický význam enzymů

I ti d j dělá á í

Page 28: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

ENZYMOVÁ KINETIKA

• snížení aktivační energie reakceg• zvýšení rychlosti reakce• nemění se rovnováha

I ti d j dělá á í

Page 29: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

KINETIKA MICHAELISE-MENTEOVÉ

I ti d j dělá á í

Page 30: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

Lineweaver-Burk Plot

Michaelisova konstanta Km

• affinita substrátu k enzymu• mechanismy fyziologických regulací – např glykolýza• glukokinasa vs. hexokinasa• příčiny farmakokinetických interakcí• terapie intoxikací methanol, ethylenglykol

I ti d j dělá á í

• graficky se lépe určí pomocí tzv. dvojnásobně reciprokého zobrazení

Page 31: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

INHIBICE ENZYMOVÉ AKTIVITY- již znáte?

REVERSIBILNÍ (kompetitivní nekompetitivní akompetitivní)REVERSIBILNÍ (kompetitivní, nekompetitivní, akompetitivní)IRREVERSIBILNÍ

I ti d j dělá á í

Page 32: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

INHIBICE ENZYMOVÉ AKTIVITY

I ti d j dělá á í

Page 33: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

INHIBICE ENZYMOVÉ AKTIVITY

I ti d j dělá á í

Page 34: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

OSNOVA

1.Struktura, funkce, klasifikace

2 Kofaktory2.Kofaktory

3.Enzymová kinetika3.Enzymová kinetika

4.Regulace enzymové aktivity

5.Diagnostický význam enzymů

I ti d j dělá á í

Page 35: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

FYZIKÁLNĚ-CHEMICKÉ VLIVY• denaturační vlivy – těžké kovy, extrémy pH, reaktivní činidla, teplota, UV zářeníradiace, oxidace atd.

• vliv pH – většina enzymů fyziologické pH 7,4trávící enzymy – kyselé pH; alkalická fosfatasa ALP – alkalické

• vliv teploty – platí zákony termodynamiky; od určité teploty nastává denaturace;„inverse U-shaped curve“; termostabilní enzymy – např. bakteriální polymerasy atd.

• vliv složení pufru – iontová síla, přítomnost kofaktorů, iontů atd.

I ti d j dělá á í

Page 36: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

SUBSTRÁTY, AKTIVÁTORYA INHIBITORY

• přítomnost více substrátů – kompetitivní děje (lékové interakce!)

A INHIBITORY

• inhibitory – různé mechanismy, významné u lékových interakcí(ketokonazol, troleandomycin, diethydithiokarbamát, omeprazol)

• allosterické efektory (inhibitory x aktivátory) – např. PKA• většinou malé molekuly intermediárního metabolismu (cAMP, AMP, GDP atd.)• mohou být i cizorodé látky léčiva xenobiotika• mohou být i cizorodé látky – léčiva, xenobiotika

• 2 katalytické a 2 regulační podjednotky• aktivátor se váže na regulační podjednotku a heterodimer disociuje

I ti d j dělá á í

g p j j• katalytická podjednotka je takto aktivována

Page 37: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

AKTIVACE INTERAKCÍ S JINÝMPROTEINEMPROTEINEM

• kalmodulin dependentní dráhy• kalmodulin dependentní dráhy

• cyklin dependetní kinasy

ĚČ ÉREGULACE BUNĚČNÉHO CYKLU

I ti d j dělá á í

Page 38: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

Ca2+

Endoplasmic Ca2+ Ca2+ is released from ERCalmodulin-Ca2+ complexis an essential component

f C 2 d d t

CALMODULINp

reticulumCa

Ca2+

in response to hormonesor neurotransmitters

of many Ca2+ dependentenzymes

calmodulinCa2+

Transinet increase ofintracellular Ca2+ favors Calmodulin-dependentintracellular Ca2+ favorsformation of complex

Ca2+ Ca2+

Calmodulin-dependentprotein kinases

calmodulinCa2+

Ca2+

Ca2+

Ca2+

calmodulinCa2

Ca2+

Ca2

Ca2+activeCa2 Ca2

ComplexCalmodulin-Ca2+ inactive

enzyme

enzyme

I ti d j dělá á í

ysubstrate product

Page 39: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

KOVALENTNÍ MODIFIKACE ENZYMU• změna chemického složení proteinu-enzymu; pevná kovalentní vazba• jedná se o tzv. post-translační děj• vnesením/odtržením funkční skupiny se mění konformace proteinu-enzymu a j h l i ř k l i ká k i i bili ibili k d d i djeho vlastnosti – např. katalytická aktivita, stabilita, susceptibilita k degradaci atd.

• fosforylace (protein kinasy) vs. defosforylace (protein fosfatasy)fosforylace reziduí Ser Thr Tyr• fosforylace reziduí – Ser, Thr, Tyr

• regulace esenciálních dějů – buněčný cyklus, diferenciace, metabolismus atd.

• rozmanitost kinas protein kinasy A C (PKA PKC)• rozmanitost kinas protein kinasy A,C (PKA, PKC)mitogeny-aktivované protein kinasy MAPKs (JNK, p38, ERK1/2)cyklin-dependentní kinasy (CDK2 CDK9 atd )cyklin dependentní kinasy (CDK2, CDK9 atd.)tyrosin kinasy (insulinový receptor)kalmodulin dependentní kinasy atd.

• fosfatasy funkční opak protein kinasserin-threoninové (PP1 (a,b,c), PP2, PP2C, PP3, PP4 atd.)tyrosinové PTP1B

I ti d j dělá á í

yduální atd.

Page 40: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

KOVALENTNÍ MODIFIKACE ENZYMU• acetylace (N-terminus; Lys)• ubiquitinace, SUMOylace (Lys)• glykosylace (N-; O-)Asp, OH-Lys, Thr, Ser

l it l• palmitoylace• myristoylace• pegylaceprenylace• prenylace

• glutamylace• biotinylace• citrulinace atd• citrulinace atd.

I ti d j dělá á í

Page 41: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

PROTEOLYTICKÁ AKTIVACE• trávící enzymy• hemokoagulační kaskáda

Alimentary proteins:

Arg

TrpTyrPhe Ala

Gl Arg

+H3N-C-C-NH- C-C-NH- C-C-NH- C-C-NH- C-C-NH- C-C-NH- C-C-NH- C-C-O-

ArgLys Met

LeuGlySer

ArgLys

R R R R

carboxypeptidase A

H3N C C NH C C NH C C NH C C NH C C NH C C NH C C NH C C O

H O H O H O H O H O H O H O H O

trypsine chymotrypsine elastasecarboxypeptidase Acarboxypeptidase B

enteropeptidaseenteropeptidase

trypsinogen chymotrypsinogen proelastase procarboxypeptidase Aprocarboxypeptidase B

I ti d j dělá á í

Page 42: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

PROTEOLYTICKÁ AKTIVACE• Proteinasy (proteasy)

1. Syntéza a sekrece: proenzymy (zymogeny)

2. Aktivace: štěpení několika peptidových vazeba/nebo odstraněníkrátkého peptidu otevření aktivního místa

pepsinogen pepsin + 41 AAHCl

trypsinogen trypsin + 6 AAenteropeptidasa

trypsinogen3. Inhibice: proteinové inhibitory interakce s proteasou v aktivním místě a1-anti trapsin – ochrana buněčných stěn

i k řá i lá k j

yp g

mutanti, kuřáci – pomalá sekrece z jaterpoškození emfyzém

substrát

I ti d j dělá á í

trypsin(polypeptid)

Page 43: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

REGULACE MNOŽSTVÍ ENZYMUINDUKCE DEGRADACEINDUKCE, DEGRADACE

• rovnováha mezi syntézou a degradací proteinů• turnover proteinup• proteiny z potravy (100 g/den) – ekvivalent dusíkatých sloučenin se za den vyloučí• stavební proteiny lidského těla (400 g/den) – konstantní degradace a re-syntesa

AMK proteinproteosyntesa

degradace

Biologický poločas proteinů:

2 h trávící enzymes, ornithin dekarboxylasa, HMG-CoA-reduktasaym , y , 2- 200 h většina proteinů 200 h hemoglobin, acetylcholinový receptorMěsíce kolagen, strukturní proteiny

I ti d j dělá á í

g p y

Page 44: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

1 L s s mální p t s ( th psin ll n s

DEGRADACE ENZYMŮ 1. Lysosomální proteasy (cathepsiny, collagenasa,

dipeptidasy..): většina extracelulárních proteinů,„long-lived“ proteins

2 Proteasomy: abnormální proteiny short lived“ proteins2. Proteasomy: abnormální proteiny, „short-lived proteins

Ubiquitinacecytosolický protein ubiquitin – kisskiss ofof deathdeathcytosolický protein ubiquitin kisskiss ofof deathdeath- Navázání Ubi na protein jej předurčuje k degradaci vproteasomu = oligomer – supramolecularní struktura, několikpodjednotek = proteinasypodjednotek proteinasy

ubiquitin-COOH + H2N-Lys-protein

Značka pro degradaci

Degradační signály:1.oxidace: Lys, Trp, His, Cys2. PEST-sequence: Pro, Glu, Ser, Thr3. NH3-terminus AMK: Arg, Lys, Asp, Phe

I ti d j dělá á í

Page 45: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

NOBEL PRIZE IN CHEMISTRY 2004

Aaron Ciechanover, born 1947 (57 years) in Haifa, Israel (Israeli citizen). Doctor'sdegree in medicine in 1975 at Hebrew University of Jerusalem, and in biology ing y , gy1982 at the Technion (Israel Institute of Technology), Haifa. DistinguishedProfessor at the Center for Cancer and Vascular Biology, the RappaportFaculty of Medicine and Research Institute at the Technion, Haifa, Israel.

Avram Hershko, born 1937 (67 years) in Karcag, Hungary (Israeli citizen). Doctor'sdegree in medicine in 1969 at the Hadassah and the Hebrew University Medical

h l l D h d P f h R F l fSchool, Jerusalem. Distinguished Professor at the Rappaport Family Institute forResearch in Medical Sciences at the Technion (Israel Institute of Technology),Haifa, Israel.

Irwin Rose, born 1926 (78 years) in New York, USA (American citizen). Doctor'sdegree in 1952 at the University of Chicago, USA. Specialist at the Department ofPhysiology and Biophysics College of Medicine University of CaliforniaPhysiology and Biophysics, College of Medicine, University of California,Irvine, USA.

I ti d j dělá á í

Page 46: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

DEGRADACE ENZYMŮ

Cvek B. and Dvorak Z. (2008) The value of proteasome inhibition in cancer. Canthe old drug, disulfiram, have a bright new future as a novel proteasome inhibitor?

I ti d j dělá á í

g, , g pDrug Discov Today 13(15-16):716-722.

Page 47: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

k č í h

INDUKCE ENZYMŮ • transkripční mechanismus• syntéza mRNA a proteinu de novo

INDUKCE GENOVÉ EXPRESE• INDUKCE GENOVÉ EXPRESE• úloha transkripčních faktorů, cytokinů, receptorů (jaderných, steroidních,thyroidních, retinoidních)

• fyziologický význam – buňka (organismus) syntetizuje enzym dle svých aktuálních,resp kvantitativně změněných potřebresp. kvantitativně změněných potřeb• např. energetický metabolismus – -galakotisasa• je-li ve stravě výrazně zastoupeno mléko (obsahuje laktosu; Glu-Gal), organismuszvýší syntézu degradačního enzymu -Galý y g ym • není-li ve stravě mléko, organismus -Gal nesyntetizuje – plýtvání• náhlé podání velkého množství mléka – insuficientní štěpení laktosy ve střevě,osmotická nerovnováha……• induktory exprese enzymů jsou často jejich substráty!!!

I ti d j dělá á í

Page 48: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

l k lá í d d d

INDUKCE ENZYMŮ • molekulární podstata tzv. drug-drug interactions• změna ve farmakokinetice léčiva• závažné důsledky ve funkci léčiva, nežádoucí účinky!!!

Případ 1:• pacient po transplantaci ledvin užívá imunosupresivum CYCLOSPORINa antibiotikum RIFAMPICINa antibiotikum RIFAMPICIN• CYCLOSPORIN je substrátem (je metabolizován) enzymem CYP3A4• RIFAMPICIN je silný induktor exprese CYP3A4• pokud se neupraví dávkování CYCLOSPORINU, metabolismus je natolikp p , jakcelerovaný, že vymizí terapeutický účinek a pacient umírá na organ rejection

CYCLOSPORIN CYCLOSPORINCYP3A4

(aktivní, toxický) (neaktivní, netoxický)

CYCLOSPORIN(aktivní, toxický)

CYCLOSPORIN(neaktivní, netoxický)

CYP3A4

I ti d j dělá á í

rifampicin

Page 49: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

INDUKCE ENZYMŮ • molekulární podstata toxického účinku některých xenobiotik• bioaktivace pro-karcinogenů v ultimátní karcinogeny

Případ 2:• cigaretový kouř, grilované potraviny (steaky, klobásy) a uzeniny obsahujípolyaromatické uhlovodíky (PAU) – např. benzo-a-pyren (BaP)• BaP sám o sobě není výrazně toxický• BaP je metabolicky přeměňován na velmi reaktivní epoxidy a dioly, které

šk í DN ké ípoškozují proteiny a DNA; tj. jsou toxické a mutagenní• hydroxylace BaP je katalyzována enzymy CYP1A1 (všechny orgány včetněplíce, střevo, placenta, kůže, játra) a CYP1A2 (hepatospecifický)

i d k CYP1A1 CYP1A2 ů b í PAU bíhá ř t l hl dík ý• indukce CYP1A1 a CYP1A2 působením PAU probíhá přes tzv. aryl uhlovodíkovýreceptor (AhR)

• tj substrát indukuje svůj metabolismus a zároveň i toxicitu• tj. substrát indukuje svůj metabolismus, a zároveň i toxicitu

I ti d j dělá á í

Page 50: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

OSNOVA

1.Struktura, funkce, klasifikace

2 Kofaktory2.Kofaktory

3.Enzymová kinetika3.Enzymová kinetika

4.Regulace enzymové aktivity

5.Diagnostický význam enzymů

I ti d j dělá á í

Page 51: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

DIAGNOSTICKÝ VÝZNAM ENZYMŮNěkteré patologické a patofyziologické stavy mohou provázet:

• změna aktivity enzymuy y• změna množství enzymu• změna lokalizace enzymu

ENZYM DIAGNOSTIKAENZYM DIAGNOSTIKA

Aminotransferasy (AST, ALT) infarkt myokarduvirová hepatitisvirová hepatitis

Amylasa akutní pankreatitisCeruloplasmin Wilsonova nemocg-GT jaterní chorobyg GT jaterní chorobyLDH isoenzymy infarkt myokarduKreatininkinasa infarkt myokardu

svalové poruchyp yLipasa akutní pankreatitisKyselá fosfatasa Ca prostaty – metast.Alkalická fosfatasa kostní poruchy

I ti d j dělá á í

p yjaterní poruchy

Page 52: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

PRAKTICKÉ VYUŽITÍ ENZYMŮViz enzymologie nebo biochemie?

• diagnostické soupravy – analytické chemie• diagnostické soupravy – analytické chemie• high througput assays - ELISA• výzkumné využití – restrikční enzymy, kinasy, enzymové značení protilátek• terapeutické využití – proteasyterapeutické využití proteasy• prací prášky• atd.

I ti d j dělá á í

Page 53: Inovace studia molekulární a buněčné biologieinovace-mbb.upol.cz/files/vyukovy-portal/portal-old/bunecna_biologie... · Investice do rozvoje vzd ělávání Inovace studia molekulární

DĚKUJ Z POZORNO TDĚKUJI ZA POZORNOST

I ti d j dělá á í


Recommended